Nadat het UPC is geopend, worden toegekende Europese octrooien onderworpen aan de jurisdictie van het UPC en van de relevante nationale gerechtshoven. 

Dit zal betekenen dat u uw Europese octrooien in een enkel proces kunt afdwingen in alle lidstaten die het UPC hebben geratificeerd en waarvoor het octrooi is gevalideerd. Het zal ook betekenen dat een Europees octrooi in één enkel proces bij de Central Division van het UPC kan worden herroepen. Dit is een groot verschil met de huidige situatie, waarin het Europees octrooi een bundel nationale rechten is die alleen individueel kunnen worden herroepen in afzonderlijke procedures bij de nationale gerechtshoven. Omdat dit zo'n fundamentele verandering is voor de procesvoering inzake Europese octrooien, zult u gedurende een overgangsperiode van minimaal 7 jaar kunnen kiezen voor opt-out uit de jurisdictie van het UPC van bestaande, in behandeling zijnde en toekomstige Europese octrooien voor de levensduur van die octrooien. De opt-out maakt het voor octrooihouders mogelijk hun huidige positie te handhaven, zodat alle procesvoering moet plaatsvinden bij de betreffende nationale gerechtshoven. De Rules of Procedure staan een sunrise-periode toe voordat het UPC systeem van start gaat, om octrooihouders de mogelijkheid te geven te kiezen voor opt-out uit de jurisdictie van het UPC van hun bestaande Europese octrooien voordat het hof de deuren opent.