{"id":9004111222137052,"date":"2021-03-02T14:57:27","date_gmt":"2021-03-02T14:57:27","guid":{"rendered":"https:\/\/www.hgf.com\/?p=9004111222137052"},"modified":"2025-11-13T20:12:44","modified_gmt":"2025-11-13T20:12:44","slug":"solution-ia-au-paradoxe-de-levinthal","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.hgf.com\/fr\/centre-de-connaissances\/articles\/solution-ia-au-paradoxe-de-levinthal\/","title":{"rendered":"Solution IA au paradoxe de Levinthal"},"content":{"rendered":"<p class=\"p__large\">Le programme d&#8217;IA de DeepMind a r\u00e9solu un probl\u00e8me biologique d&#8217;une complexit\u00e9 diabolique qui \u00e9tait rest\u00e9 non r\u00e9solu pendant un demi-si\u00e8cle, et a stup\u00e9fi\u00e9 les scientifiques en d\u00e9montrant une capacit\u00e9 \u00e0 pr\u00e9dire le repliement des prot\u00e9ines avec une pr\u00e9cision incroyable.<\/p>\n<p>\u00ab Alphafold 2 \u00bb, un outil d&#8217;intelligence artificielle pour g\u00e9n\u00e9rer des mod\u00e8les 3D de prot\u00e9ines bas\u00e9s sur des jeux de donn\u00e9es g\u00e9nomiques, a \u00e9t\u00e9 annonc\u00e9 en novembre 2020 et salu\u00e9 comme l&#8217;une des technologies scientifiques les plus r\u00e9volutionnaires de notre \u00e9poque, permettant aux scientifiques de voir comment une prot\u00e9ine se repliera en se basant uniquement sur sa s\u00e9quence d&#8217;acides amin\u00e9s primaire sans avoir besoin de techniques de laboratoire laborieuses. Mais quels sont les probl\u00e8mes li\u00e9s \u00e0 la PI g\u00e9n\u00e9r\u00e9e par un outil si utile ? <\/p>\n<h4>Perc\u00e9e<\/h4>\n<p>DeepMind est une soci\u00e9t\u00e9 d&#8217;IA fond\u00e9e \u00e0 Londres en 2010 pour se concentrer sur l&#8217;apprentissage automatique et les neurosciences syst\u00e9miques avec une vision de \u00ab faire penser les ordinateurs comme les humains \u00bb et a \u00e9t\u00e9 acquise par Google en 2014. DeepMind a connu un succ\u00e8s largement m\u00e9diatis\u00e9 en 2015 avec son programme AlphaGo, qui fut le premier programme informatique \u00e0 battre un joueur de Go humain professionnel, et d\u00e9veloppe plus r\u00e9cemment un outil d&#8217;intelligence artificielle qui pr\u00e9dit le repliement des prot\u00e9ines \u00e0 partir d&#8217;une s\u00e9quence d&#8217;acides amin\u00e9s primaire uniquement. La derni\u00e8re version de l&#8217;outil, nomm\u00e9e \u00ab AlphaFold 2 \u00bb, a r\u00e9cemment obtenu des r\u00e9sultats stup\u00e9fiants lors du d\u00e9fi annuel de pr\u00e9diction de structure prot\u00e9ique, CASP [1].  <\/p>\n<p>Les r\u00e9sultats du d\u00e9fi sont annonc\u00e9s chaque ann\u00e9e lors de la conf\u00e9rence annuelle qui a lieu depuis 1994, et l&#8217;\u00e9quipe qui fournit la pr\u00e9diction structurelle la plus pr\u00e9cise est proclam\u00e9e gagnante. En 2020, AlphaFold 2 a surpass\u00e9 toutes les autres \u00e9quipes avec une marge consid\u00e9rable, atteignant un score de 92,4 GDT (sur 100) globalement sur toutes les cibles, ce qui signifie que ses pr\u00e9dictions ont une erreur moyenne (<a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Root-mean-square_deviation_of_atomic_positions\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">RMSD<\/a>) de seulement 1,6 <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Angstrom\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Angstr\u00f6ms<\/a> [2]. <\/p>\n<h4>Pourquoi cela est-il significatif ?<\/h4>\n<p>Les scientifiques utilisent d\u00e9j\u00e0 l&#8217;outil pour r\u00e9soudre des structures prot\u00e9iques avec lesquelles ils ont eu des difficult\u00e9s pendant des ann\u00e9es, mais en quelques heures seulement. La structure des prot\u00e9ines est g\u00e9n\u00e9ralement \u00e9tudi\u00e9e en cristallisant la prot\u00e9ine et en la visualisant \u00e0 l&#8217;aide de la cristallographie aux rayons X ou plus r\u00e9cemment de la microscopie cryo-\u00e9lectronique et de la RMN. Cependant, ce processus est lent, laborieux et co\u00fbteux, et certaines prot\u00e9ines peuvent \u00eatre difficiles \u00e0 cristalliser, comme celles int\u00e9gr\u00e9es dans les membranes. Cette difficult\u00e9 est parfois appel\u00e9e le paradoxe de Levinthal ; Levinthal a estim\u00e9 10<g id=\"gid_0\">300<\/g> <g id=\"gid_1\">conformations possibles<\/g> pour une prot\u00e9ine typique. Pourtant, dans la nature, les prot\u00e9ines se replient spontan\u00e9ment, certaines en quelques millisecondes, en une structure d\u00e9finie pr\u00e9d\u00e9termin\u00e9e.    <\/p>\n<p>AlphaFold 2 acc\u00e9l\u00e8re consid\u00e9rablement le processus de compr\u00e9hension de la fa\u00e7on dont une prot\u00e9ine se replie et de son apparence dans l&#8217;espace 3D bas\u00e9 uniquement sur la s\u00e9quence d&#8217;acides amin\u00e9s primaire.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" class=\"alignnone wp-image-9004111222090582\" src=\"https:\/\/img.hgf.com\/spio\/ret_img,q_cdnize,to_auto,s_webp:avif\/www.hgf.com\/wp-content\/uploads\/2021\/05\/500px-AlphaFold_2_block_design-300x118.png\" alt=\"\" width=\"483\" height=\"190\" srcset=\"https:\/\/img.hgf.com\/spio\/ret_img,q_cdnize,to_auto,s_webp:avif\/www.hgf.com\/wp-content\/uploads\/2021\/05\/500px-AlphaFold_2_block_design-300x118.png 300w, https:\/\/img.hgf.com\/spio\/ret_img,q_cdnize,to_auto,s_webp:avif\/www.hgf.com\/wp-content\/uploads\/2021\/05\/500px-AlphaFold_2_block_design.png 500w\" sizes=\"(max-width: 483px) 100vw, 483px\" \/><\/p>\n<p><span class=\"c-grey\">Figure 1 : la base du syst\u00e8me AlphaFold 2 (cr\u00e9dit image : https:\/\/en.wikipedia.org\/w\/index.php?curid=65998083)<\/span><\/p>\n<p>La visualisation de la structure prot\u00e9ique a des utilisations dans la compr\u00e9hension de la fa\u00e7on dont les interactions cellulaires se produisent. En particulier, comment les prot\u00e9ines se lient \u00e0 d&#8217;autres mol\u00e9cules et remplissent leurs fonctions, et quelles parties de la structure prot\u00e9ique sont essentielles \u00e0 cela. En essence, on pense que la fa\u00e7on dont une prot\u00e9ine fonctionne est largement d\u00e9termin\u00e9e par sa forme 3D.  <\/p>\n<p>Avoir de telles connaissances facilement accessibles fera progresser de nombreux domaines de recherche en sciences de la vie et conduira probablement \u00e0 de nombreuses nouvelles th\u00e9rapies. Cela acc\u00e9l\u00e9rera la d\u00e9couverte de m\u00e9dicaments dans laquelle les m\u00e9dicaments candidats sont souvent cribl\u00e9s pour leur liaison \u00e0 une prot\u00e9ine particuli\u00e8re, g\u00e9n\u00e9ralement pour modifier sa fonction <em>in vivo<\/em>, et fournir un effet th\u00e9rapeutique. Cela acc\u00e9l\u00e9rera \u00e9galement le d\u00e9veloppement de nouvelles conceptions de prot\u00e9ines utiles, o\u00f9, par exemple, un r\u00e9sidu particulier qui est essentiel \u00e0 la fonction peut \u00eatre modifi\u00e9 pour augmenter ou diminuer son activit\u00e9. Cela aidera \u00e9galement \u00e0 acc\u00e9l\u00e9rer l&#8217;identification des diff\u00e9rences structurelles r\u00e9sultant de variations g\u00e9n\u00e9tiques causant des maladies, aidant \u00e0 arriver plus rapidement \u00e0 des traitements pour de telles maladies g\u00e9n\u00e9tiques. Il est compr\u00e9hensible que cette avanc\u00e9e soit salu\u00e9e comme l&#8217;une des perc\u00e9es les plus significatives du si\u00e8cle.    <\/p>\n<h4>Probl\u00e8mes potentiels de PI<\/h4>\n<p>\u00c9tant donn\u00e9 les avantages significatifs d&#8217;AlphaFold 2, de nombreuses inventions r\u00e9sulteront sans aucun doute de son utilisation. De nouveaux m\u00e9dicaments \u00e0 petites mol\u00e9cules, de nouvelles prot\u00e9ines et leurs utilisations m\u00e9dicales ou industrielles n&#8217;en sont que quelques-unes. Cependant, de telles inventions sont-elles brevetables, et quels sont les probl\u00e8mes potentiels avec la brevetabilit\u00e9 ? De plus, si une IA cr\u00e9e de la propri\u00e9t\u00e9 intellectuelle telle qu&#8217;une invention, ou une partie d&#8217;une invention, est-elle un inventeur m\u00eame si elle n&#8217;est pas une personne ? S&#8217;il n&#8217;y a pas d&#8217;inventeur humain, alors l&#8217;invention peut-elle \u00eatre brevet\u00e9e du tout ?    <\/p>\n<h4>Brevetabilit\u00e9<\/h4>\n<p>En laissant de c\u00f4t\u00e9 la question de l&#8217;invention pour l&#8217;instant, il est ind\u00e9niablement possible que de nombreuses inventions li\u00e9es \u00e0 l&#8217;IA soient prot\u00e9g\u00e9es par un brevet en Europe. Pour \u00eatre brevetable, il est n\u00e9cessaire qu&#8217;une invention li\u00e9e \u00e0 l&#8217;IA fournisse un effet technique, qui peut \u00eatre, par exemple, bas\u00e9 sur une application r\u00e9elle d&#8217;un outil d&#8217;IA, la sortie d&#8217;un outil d&#8217;IA, une fa\u00e7on innovante de pr\u00e9parer des donn\u00e9es d&#8217;entra\u00eenement pour l&#8217;entr\u00e9e dans un syst\u00e8me d&#8217;IA, ou m\u00eame un arrangement mat\u00e9riel de traitement d&#8217;IA innovant <g id=\"gid_0\">per se<\/g>. Dans le domaine d&#8217;application biologique, il est concevable qu&#8217;un nouveau cas d&#8217;usage pour une prot\u00e9ine, ou une nouvelle prot\u00e9ine dont la structure repli\u00e9e a \u00e9t\u00e9 visualis\u00e9e \u00e0 l&#8217;aide de l&#8217;outil AlphaFold 2 (ou d&#8217;outils similaires) pourrait former la base d&#8217;une invention brevetable.  <\/p>\n<p>Cependant, l&#8217;utilisation d&#8217;AlphaFold 2, tout comme d&#8217;autres programmes de mod\u00e9lisation <em>in silico<\/em>, soul\u00e8ve peut-\u00eatre des questions sur la fa\u00e7on dont l&#8217;activit\u00e9 inventive est \u00e9valu\u00e9e. En particulier, \u00e9tant donn\u00e9 qu&#8217;un outil existe maintenant pour r\u00e9soudre la structure des prot\u00e9ines rapidement et facilement, il y a certainement moins de difficult\u00e9 associ\u00e9e \u00e0 l&#8217;analyse des prot\u00e9ines et \u00e0 l&#8217;identification de solutions utiles directement \u00e0 partir de telles structures. Il est donc possible que les offices de brevets consid\u00e8rent les solutions r\u00e9sultant de la r\u00e9alisation qu&#8217;une prot\u00e9ine donn\u00e9e se lie \u00e0 un certain partenaire tel qu&#8217;un r\u00e9cepteur ou un m\u00e9dicament comme plus \u00e9videntes, lorsque la structure montre clairement une r\u00e9gion de liaison connue pour de tels partenaires, et lorsque le criblage pour la liaison pourrait potentiellement \u00eatre fait enti\u00e8rement <em>in silico<\/em>. En d&#8217;autres termes, lorsqu&#8217;un outil d&#8217;IA est facilement disponible pour pr\u00e9dire une structure prot\u00e9ique <em>in silico<\/em>, le seuil d&#8217;activit\u00e9 inventive devrait-il \u00eatre relev\u00e9 par rapport \u00e0 l&#8217;activit\u00e9 inventive requise si l&#8217;algorithme de repliement de prot\u00e9ines d&#8217;IA n&#8217;avait pas \u00e9t\u00e9 disponible ?   <\/p>\n<p>Les avanc\u00e9es dans les pr\u00e9dictions de repliement de prot\u00e9ines pourraient \u00e9galement donner lieu \u00e0 une augmentation des revendications de port\u00e9e \u00ab insuffisante \u00bb \u2013 des revendications qui couvrent des prot\u00e9ines nouvelles potentielles et\/ou des utilisations potentielles de la prot\u00e9ine qui ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9es \u00e0 l&#8217;aide de l&#8217;outil d&#8217;IA, mais qui n&#8217;ont pas r\u00e9ellement \u00e9t\u00e9 test\u00e9es et d\u00e9montr\u00e9es comme fonctionnelles. Par exemple, cette situation pourrait survenir si les chercheurs devaient utiliser AlphaFold 2 pour identifier la structure 3D d&#8217;une nouvelle prot\u00e9ine, \u00e9mettre des hypoth\u00e8ses sur ce \u00e0 quoi elle pourrait se lier et inf\u00e9rer les utilisations potentielles r\u00e9sultantes, puis tenter de revendiquer ces utilisations sans tests suppl\u00e9mentaires. Alternativement, des revendications peuvent \u00eatre d\u00e9pos\u00e9es qui tentent de couvrir tout partenaire de liaison d&#8217;une structure prot\u00e9ique r\u00e9solue donn\u00e9e qui pourrait \u00eatre utile. De telles revendications \u00e9taient r\u00e9pandues lorsque la technologie de clonage et de s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9n\u00e9tique est devenue largement r\u00e9pandue dans les ann\u00e9es 1980, permettant aux scientifiques d&#8217;identifier des g\u00e8nes qui n&#8217;avaient pas \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s auparavant. De nombreux demandeurs ont tent\u00e9 de revendiquer ces s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9tiques et leurs utilisations hypoth\u00e9tiques bas\u00e9es uniquement sur les informations de s\u00e9quence [4]. Dans certains cas aux \u00c9tats-Unis, des demandes ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9pos\u00e9es dans lesquelles des milliers d&#8217;\u00e9tiquettes de s\u00e9quence \u00e9taient couvertes qui n&#8217;avaient aucune fonction connue. Ce type de revendication est maintenant consid\u00e9r\u00e9 comme manquant d&#8217;habilitation ou de support s&#8217;il n&#8217;y a pas de donn\u00e9es appropri\u00e9es d\u00e9montrant une utilisation technique pour la s\u00e9quence isol\u00e9e. Nous pourrions bien voir une augmentation de tels d\u00e9p\u00f4ts sp\u00e9culatifs une fois de plus, mais cette fois bas\u00e9s sur les prot\u00e9ines plut\u00f4t que sur les g\u00e8nes.       <\/p>\n<h4>Invention par IA<\/h4>\n<p>Il semblerait, au moins pour le moment, que l&#8217;outil AlphaFold 2 soit destin\u00e9 \u00e0 aider les efforts inventifs des scientifiques humains plut\u00f4t qu&#8217;\u00e0 concevoir des inventions de mani\u00e8re autonome. En cons\u00e9quence, il semble probable que les inventions d\u00e9riv\u00e9es \u00e0 l&#8217;aide de l&#8217;outil AlphaFold 2 auraient encore des inventeurs humains. Cela dit, il est peut-\u00eatre possible que les d\u00e9veloppements futurs du syst\u00e8me AlphaFold puissent \u00eatre plus autonomes, par exemple en d\u00e9terminant la structure prot\u00e9ique et en la traitant pour trouver les partenaires de liaison ou les applications particuli\u00e8res sans l&#8217;expertise des scientifiques. Lorsque les humains testent simplement l&#8217;ad\u00e9quation d&#8217;une liste restreinte de mol\u00e9cules sugg\u00e9r\u00e9es produites par un tel outil d&#8217;IA pour leurs applications associ\u00e9es, identifier l&#8217;invention humaine pourrait potentiellement devenir plus difficile.   <\/p>\n<p>Dans une r\u00e9cision r\u00e9cente de la Haute Cour du Royaume-Uni [3], M. le Juge Smith a statu\u00e9 qu&#8217;une machine d&#8217;IA nomm\u00e9e \u00ab DABUS \u00bb ne pouvait pas \u00eatre consid\u00e9r\u00e9e comme un \u00ab inventeur \u00bb sous le UK Patents Act 1977 parce qu&#8217;elle n&#8217;est pas une personne physique et parce que, en tout \u00e9tat de cause, le droit d&#8217;obtenir une demande de brevet ne pouvait pas \u00eatre transf\u00e9r\u00e9 d&#8217;un inventeur IA \u00e0 un demandeur de brevet parce qu&#8217;un inventeur IA manquerait de la \u00ab personnalit\u00e9 juridique \u00bb n\u00e9cessaire pour poss\u00e9der et transf\u00e9rer des droits de propri\u00e9t\u00e9. L&#8217;Office europ\u00e9en des brevets est arriv\u00e9 \u00e0 une d\u00e9cision similaire concernant les demandes de brevet europ\u00e9en correspondantes d\u00e9pos\u00e9es nommant DABUS comme seul inventeur, bien que ces cas soient maintenant en appel. Ainsi, le syst\u00e8me de brevets en Europe ne reconna\u00eet g\u00e9n\u00e9ralement pas (du moins pas encore) les inventeurs IA.  <\/p>\n<p>Cependant, il y a encore des questions l\u00e9gitimes concernant qui devrait \u00eatre l\u00e9gitimement nomm\u00e9 comme inventeur dans les cas o\u00f9 une entit\u00e9 IA fait \u00ab <em>l&#8217;invention<\/em> \u00bb. La d\u00e9cision de la Haute Cour du Royaume-Uni de M. le Juge Smith a positivement laiss\u00e9 ouverte la possibilit\u00e9 que le <strong>propri\u00e9taire<\/strong> d&#8217;une machine IA qui \u00ab <em>invente<\/em> \u00bb quelque chose puisse \u00eatre nomm\u00e9 comme inventeur (plut\u00f4t que l&#8217;entit\u00e9 IA elle-m\u00eame). Cela permettrait potentiellement aux inventions faites principalement par des machines IA, o\u00f9 le propri\u00e9taire de la machine IA a contribu\u00e9 de mani\u00e8re minimale ou pas du tout \u00e0 la distinction inventive par rapport \u00e0 l&#8217;\u00e9tat de la technique, d&#8217;\u00eatre brevet\u00e9es par leurs propri\u00e9taires au Royaume-Uni \u00e0 l&#8217;avenir. Un d\u00e9veloppement suppl\u00e9mentaire de la jurisprudence dans ce domaine (\u00e0 la fois au Royaume-Uni et en Europe) est anticip\u00e9 au cours des ann\u00e9es \u00e0 venir, ce qui apportera esp\u00e9rons-le plus de certitude aux demandeurs de brevets.   <\/p>\n<h4>Conclusion<\/h4>\n<p>AlphaFold 2 d\u00e9montre les avanc\u00e9es scientifiques r\u00e9volutionnaires qui sont r\u00e9alisables avec l&#8217;IA, et nous nous attendons \u00e0 ce que de tels outils d&#8217;IA ouvrent de nouveaux domaines de technologie \u00e0 explorer pour les scientifiques et les ing\u00e9nieurs. M\u00eame alors que les syst\u00e8mes de brevets du monde entier s&#8217;adaptent \u00e0 la h\u00e2te pour suivre le rythme des d\u00e9veloppements technologiques qui d\u00e9passent souvent le droit des brevets, de nombreuses inventions li\u00e9es \u00e0 l&#8217;IA sont brevetables et les demandes de brevet dans ce domaine ont explos\u00e9 mondialement. Cependant, il reste certaines questions, et il sera int\u00e9ressant de voir comment les scientifiques utiliseront l&#8217;IA pour rechercher et g\u00e9n\u00e9rer de nouvelles th\u00e9rapies.  <\/p>\n<p><span class=\"c-grey\">[1] <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/AlphaFold\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\" data-action=\"url\" data-params=\"false\">https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/AlphaFold<\/a><\/span><\/p>\n<p><span class=\"c-grey\">[2] <a href=\"https:\/\/deepmind.com\/blog\/article\/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-grand-challenge-in-biology\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\" data-action=\"url\" data-params=\"false\">https:\/\/deepmind.com\/blog\/article\/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-grand-challenge-in-biology<\/a><\/span><\/p>\n<p><span class=\"c-grey\">[3] <a href=\"https:\/\/www.bailii.org\/ew\/cases\/EWHC\/Patents\/2020\/2412.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\" data-action=\"url\" data-params=\"false\">https:\/\/www.bailii.org\/ew\/cases\/EWHC\/Patents\/2020\/2412.html<\/a><\/span><\/p>\n<p><span class=\"c-grey\">[4] <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pmc\/articles\/PMC2220018\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\" data-action=\"url\" data-params=\"false\">https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pmc\/articles\/PMC2220018\/<\/a><\/span><\/p>\n<p class=\"p__medium\">Cet article a \u00e9t\u00e9 pr\u00e9par\u00e9 par les Directeurs de Brevets Senior d&#8217;HGF <a href=\"https:\/\/www.hgf.com\/fr\/our-people\/eleanor-purnell\/\">Eleanor Purnell<\/a> et <a href=\"https:\/\/www.hgf.com\/fr\/our-people\/andrew-mcgettrick\/\">Dr Andrew McGettrick<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Le programme d&#8217;IA de DeepMind a r\u00e9solu un probl\u00e8me biologique d&#8217;une complexit\u00e9 diabolique qui \u00e9tait rest\u00e9 non r\u00e9solu pendant un demi-si\u00e8cle, et a stup\u00e9fi\u00e9 les scientifiques en d\u00e9montrant une capacit\u00e9 &hellip;<\/p>\n","protected":false},"author":315,"featured_media":9004111222137056,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[536,517],"tags":[],"class_list":["post-9004111222137052","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-articles","category-centre-de-connaissances","sector-sante","service-brevets","sector_groups-sciences-de-la-vie"],"acf":[],"yoast_head":"<!-- This site is optimized with the Yoast SEO Premium plugin v27.3 (Yoast SEO v27.3) - 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